Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire


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Ingenieur Etude

CNRS- UMR8227-Station Biologique de Roscoff

PROFIL DE POSTE (in English below)

CORPS : IE (CDD niv. IE 3 à 5 ans d’expérience)

CODE UNITÉ : UMR 8227

Localisation: Station Biologique de Roscoff (Bretagne, FRANCE)

EMPLOI -TYPE : Travaux d’études et de conception

Période : 12 mois à partir de Septembre 2017

 

MISSION :

L’activité de recherche se déroulera au sein de l'équipe "Traduction, Cycle Cellulaire et

Développement" du Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins (UMR8227). Il

sera mis en oeuvre et développé des méthodes biochimiques permettant de sonder et d’analyser les structures formées en solution par des ARN de diverses origines.

 

ACTIVITES PRINCIPALES :

  • Assurer la mise en place et le développement des méthodes de sondage de structures d’ARN effectuées dans le cadre de l'étude fondamentale de la régulation traductionnelle chez l’oursin
  • Préparer les ARNs par extraction de cellules et par synthèse in vitro
  • Mettre au point les sondages (méthode SHAPE, RNAses, DMS, CMCT) dans diverses conditions (tampons, lysats, in vivo)
  • Mettre au point l’analyse des ARNs par transcription réverse suivi d’analyse de séquences par gels et séquenceurs capillaires
  • Préparer la transition vers le sondage d’un grand nombre d’ARN et l’analyse de séquence de type NGS

 

ACTIVITES ASSOCIEES :

  • Conduire et adapter de manière autonome les sondages et le séquençage (utilisation des sondes, contrôles, analyse des résultats, normalisations et statistiques) en respectant les mesures de sécurité
  • Mise en forme des résultats pour pouvoir les exploiter et les présenter lors de réunions
  • d'équipe, de congrès ou sous forme de publications.
  • Rédaction de rapports ainsi que des notes techniques sur les protocoles mis en place.
  • Gérer le matériel, les stocks et les bases de données du projet.
  • Assurer une veille scientifique et technologique en lien avec le projet (méthodes de sondage structural, méthodes de séquençages adaptées à la localisation et la quantification de pauses de réverse transcription).
  • Encadrer et assurer la formation des stagiaires et des membres du laboratoire aux méthodes mises en place

 

COMPETENCES :

  • Maîtrise des principes et expertise techniques en biochimie des ARN ; une expérience préalable de la préparation et de la manipulation des ARNs est requise
  • Connaissances générales dans les domaines de la biologie moléculaire et cellulaire et en chimie. Une formation en chimie sera appréciée.
  • Connaissances des principes des appareils spécifiques du domaine : séquenceurs,
  • thermocycleurs, ...
  • Compétences linguistiques en anglais : compréhension et expression écrite et orale.

Maîtrise des logiciels bureautiques (traitement de texte, tableurs...)

 

JOB PROFILE

 

Research engineer

Research Unit : UMR 8227: Integrative biology of marine models Laboratory

Location: Station Biologique de Roscoff (on the north coast of Brittany, FRANCE)

Function: Design and engineering works

 

MISSION :

The research activity will be done in the team « Translation, Cell Cycle and Development ». It consists in the design and developments of biochemical methods to probe, reveal and analyze structural motifs in various RNAs of diverse origins

 

MAIN ACTIVITIES

  • Ensure the set-up and development of probing methods adapted to RNAS, such as for example, the SHAPE method, to study the regulation of translation which takes place in sea urchin at fertilization.
  • Prepare RNAs samples from cellular extracts and in vitro synthesis
  • Set-up the probing conditions in diverse media (buffers, extracts, in vivo) with several probes (the SHAPE probes, DMS, CMCT, RNAses)
  • Set-up the analysis of the probed positions by reverse-transcription and sequence analysis with gels and sequencers
  • Prepare the transitions towards probing a large number of RNAs and NGS

 

RELATED ACTIVITIES

  • Design the experiments (probing and analysis) and controls in an autonomous way; integrate controls, benchmarking, statistical analysis as well as security measures
  • Organize the work for future exploitation and presentations (team level, meetings, publications)
  • Report of the progress on a regular basis, redaction of technical notes and protocoles
  • Manage equipment, stocks and data bases of the project
  • Technology monitoring to watch novel techniques related to structural probing or sequencing
  • Supervise and train students and team members in the methods used

 

COMPETENCES :

  • Proficiency in RNA biochemistry; preliminary experiences with RNA manipulation is required.
  • General knowledge of molecular and cellular biology. Formation in chemistry will be an asset.
  • Functioning principles and usage of the aparatus used in the domain (such as sequencers, electrophoresis, thermocyclers, etc …)
Publiée le
06.04.2017
Chargé de dossier
Dock-Bregeon Anne-Catherine
Email du contact
Type de contrat
CDD
Lieu
équipe Traduction Cycle Cellulaire et Développement, UMR8227
Rémunération
40163 brut pour 12 mois
A pourvoir pour
04.09.2017